Nasceu no Porto em 1974, tendo iniciado os estudos musicais com o seu pai, José Magalhães, aos 9 anos. Optou pela flauta transversal aos 13 anos, ingressando no Conservatório de Música do Porto e concluindo três anos mais tarde o curso de flauta na classe do professor Olavo Barros.
Prosseguiu os seus estudos e frequentou Masterclasses com Wendy Quilan, Sabina Laurain, Aurele Nicolet, Felix Renggli, entre outros. Licenciado em Flauta Transversal na classe do professor Eduardo Lucena, na Escola Superior de Música e Artes do Espetáculo, concluiu a sua licenciatura com elevada classificação.
Atualmente, no âmbito do curso de investigação conducente ao grau de Doutor em Performance Musical na Universidade de Aveiro, prepara a sua dissertação de tese de Doutoramento.
Vencedor nas edições de 1988 e 1990 do 1ºPrémio Regional nos concursos da "Juventude Musical Portuguesa", obteve também o 1º lugar nos concursos para a "Orquestra Sinfónica da Juventude Luso Francesa", "Orquestra Portuguesa da Juventude", "Orquestra Sinfónica das Escolas de Música" e "Orquestra Regional do Norte".
Foi flautista convidado na" RÉGIE SINFONIA" - Orquestra do Porto, tendo colaborado com outras formações orquestrais e camerísticas. De 1993 até 2004 foi flautista da Orquestra do Norte, 1ª Flauta solista "A" desde 1998, na qual realizou, durante este período, mais de 1200 concertos em Portugal, Espanha e França, tendo realizado vários concertos como solista.
Trabalhou, entre outros, com os maestros Kristof Penderecky, Enrique Bátiz, Leo Brower, Roland Mélia, James Tuglle, e com intérpretes como Patricia Kopachinskaya, Eduardo Isaac, Duo Assad, Michel Lethiec, José Carreras, Andrea Bocelli e Scorpions. Participou na gravação de emissões para a RTP, SIC, Antena 2, bem como na diversa discografia da Orquestra do Norte. Em 2003 recebeu o convite do Maestro Enrique Batiz para, na qualidade de Flautista Co principal, integrar a Orquestra Sinfónica do Estado do México, na temporada 2004.
Desde 2006, juntamente com o guitarrista Carlos Lima, forma o "ExpressOriente Duo", projeto dedicado à música contemporânea e novas sonoridades. É desde 2008 1º Flauta da Orquestra da Universidade do Minho. De 1993 a 2004 foi Maestro/Diretor Artístico da Banda de Música de Sabrosa. De 2004 a 2012 foi Maestro/Diretor Artístico da Sociedade Artística - Banda de Música de Vale de Cambra.
Teve o privilégio de dirigir solistas de prestígio como Maxence Larrieu, Michel Bellavance, Jean Louis Beaumadier, Wendela van Swol, Celso Voltzenlogel, Rogerio Zerlotti Wolf, Jérôme Laran, Philippe Portejoie, Artur Caldeira, entre outros. Atualmente, Gil Magalhães, é Professor Convidado Equiparado a Auxiliar no Departamento de Música da Universidade do Minho, no Conservatório de Música de Guimarães, e Maestro/Diretor Artístico da Banda de Música da Sociedade Musical de Arcos de Valdevez.
É, desde 2016, Sankyo Flute Artist.
Parceiro: Academia de Música de Oliveira de Azeméis
